据时代周报消息，蒙牛“致癌门”之前，创始团队已经基本退出蒙牛乳业。2009年7月，牛根生与宁高宁完成交易之时，牛根生通过老牛基金会套现9.55亿港元，作为“投资慈善的本钱”。
随后，牛根生与蒙牛创始团队控制的信牛、银牛等一致行动人联合公司，不断，由交易时持股15.17%，截至2011年6月30日，已经缩减为8.24%。
2011年7月，联交所披露，中粮集团花费近36亿港元购入蒙牛1.42亿股股份，使其持股比例升至28.04%，继续巩固最大股东地位。
据悉，此次中粮集团所获股权主要来自蒙牛的创始团队，该团队转让了至少7.9%的股份。根据蒙牛2010年年报，信牛、金牛、银牛、牛根生以及其他管理层签订协议为一致行动人，占公开发行股票的比例为8.29%。按此计算，经过本轮减持后，蒙牛创业团队所持股票只剩下了0.39%。由于交易是以场外私下直接交易形式进行，因此联交所未披露卖家身份。
不过，蒙牛方面称，此次股权变动纯属股东个人行为，与公司无关。中粮集团所获股权主要来自蒙牛的创始团队。
蒙牛在采访中透露，金牛和银牛此次共减持4%股份。此次，牛根生旗下海外信托慈善基金也减持了3.9%。
同时，蒙牛方面表示，金牛、银牛等股东，每年均有类似减持举动，并无特别之处。然而，这次减持之后，蒙牛创始团队，几乎完全退出蒙牛乳业。41234
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耐人寻味的是，持续套现后的蒙牛创始团队，齐聚到了现代牧业，中粮接手后一直致力的全产业链，似乎由蒙牛创始团队来完成了。
2005年9月，领先牧业(现代牧业前身)在马注册成立。股权结构为邓源(邓九强女儿)25%、高丽娜15%、蒙牛(马)10%，其余50%的股权分散在11位个人股东中。目前，至少有十位个人股东曾任职于蒙牛。
现代牧业背后更有牛根生的影子。2008年邓九强接手现代牧业后，接连引入KKR、鼎晖投资及Brightmoon的四轮股权融资。其中Brightmoon属于恒鑫信托公司。恒鑫信托成立于2010年7月30日，是一家慈善信托公司，该公司的财产授予人为牛根生。
一直声称将大部分资金用于慈善的牛根生似乎更多的是，带领蒙牛创始团队运作蒙牛扩张之时并未完全解决的乳源建设问题。
根据现代牧业招股说明书，该公司股东及高管中有蒙牛的前高管，牛根生也和它有千丝万缕的关系。在经营中，该公司以复制的模式快速扩张，由2009-2010年度11个牧场、7.2万头乳牛的规模，扩大到2010-2011年度的17个牧场、11万头乳牛，营收在2010-2011年度达11.134亿元，同比增88%，净利润增100%。
按照现代牧业与蒙牛签署的战略合作合同，优先为蒙牛提供90%的奶源。但如果合作期限到了，不排除现代牧业解除合同的可能。现代牧业完全可以利用自己的奶源进行加工，发展经营。
12月29日，现代牧业发布公告，极力撇清现代牧业与蒙牛乳业相关关系，其经营的思，似乎也有所。
2009年6月，中粮可口可乐饮料()有限公司作为两家企业的第39个装瓶厂，在呼和浩特奠基，其选址蒙牛工业园区以东100米处，两家公司仅一街之隔。据报道，中粮可口可乐签约入驻正是牛根生“做媒”的。
中粮集团董事长宁高宁事实上与蒙牛乳业董事长牛根生相识多年，互有往来。两人都是中国企业家俱乐部的理事，宁高宁是荣誉，牛根生是轮值。一个月后，两位老朋友做成了一笔轰动一时的生意。2009年7月，中粮集团携手厚朴基金61亿港元入股蒙牛，拥有20.2%的股份，成为蒙牛第一大股东。
迅速扩张的蒙牛缺钱，成为当时的一致看法。东方艾格分析师陈连芳表示，1999年以来，蒙牛的风格就是整合对自己有利的资源迅速做大。三聚氰胺事件对蒙牛的打击很大，蒙牛的资金周转产生困难。但是蒙牛仍然要加强乳源建设，“一个万头牛规模的牧场投资就要几个亿，按照蒙牛的计划要投入几十个亿，蒙牛依靠自己的力量压力很大。”
入主蒙牛之后，宁高宁详解这笔非常满意的收购时曾表示，收购资金全部是集团自有资金。值得注意的是，中粮的收购合作伙伴厚朴基金，一直对于这笔交易，保持沉默。
根据公开资料，厚朴基金拥有淡马锡等机构的强大背景，作为中国最具影响力的私募机构，入股蒙牛时，厚朴的资本总额为25亿美元左右。厚朴基金董事长方风雷，同时担任高盛高华董事长，为高盛进入中国打开了大门。
中粮与厚朴之间的战略合作，其具体内容一直为所猜测。“厚朴基金当然不可能为中粮的全产业链规划白干，只是其套现离场的实际，因为合作模式，而不为所知。”一家金融资产管理公司中层表示。
2011年9月，蒙牛年中报告显示，此前一直在列的厚朴及方风雷，没有出现在蒙牛乳业主要股东名单当中。中粮持股也由2010年底的20.2%微调为19.92%。与此同时，蒙牛创始团队套现离场，逐渐淡出蒙牛乳业。
中粮不直接参与蒙牛经营，这是中粮高管一直强调的说法，然而，将蒙牛纳入其产业链的步伐，却一直没有停顿。
在牛根生辞职后，虽然蒙牛执行董事杨文俊获重选连任，但蒙牛的元老人物如姚同山、孙玉斌、孙先红、邓九强等人此前或是辞任，或是退休，都已逐渐淡出了蒙牛的经营管理。在蒙牛新的管理层架构中，非执行董事于旭波则被任命为董事会副，而于旭波原本的身份就是中粮集团总裁。
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只是，在两年半的时间里，牛根生一手缔造的蒙牛民企文化，一直未能跟重量级的央企文化实现完美融合。2011年8月，中粮集团总裁于旭波曾对外表示，中粮集团将来还是不参与蒙牛的架构组织，但是有两件事必须参与：一是在战略、布局、产品结构的提升、发展的速度上，中粮集团对蒙牛是有要求的;二是在食品安全上，蒙牛所有的食品安全体系必须纳入到中粮整体的食品安全体系管理当中，要按照中粮的要求去做。
值得关注的是，虽然厚朴已经消失在蒙牛2011年中报主要股东行列当中，其创始人方风雷依然担任蒙牛非执行董事职务。
方风雷以其背后的高盛等外资金融机构情景，显然还没有退出蒙牛的意思，其资本运作意图，仍是一团。
2011年12月24日 蒙牛纯牛奶产品被检出强致癌物 公司官网道歉 国家质量监督检验检疫总局24日公布近期对全国液体乳产品进行抽检的结果公告，蒙牛乳业(眉山)有限公司生产的一批次产品被检出黄曲霉毒素M1超标140%，黄曲霉毒素M1为已知的致癌物，具有很强的致癌性。
12月25日 蒙牛声明称涉致癌纯牛奶产品未流向市场 蒙牛乳业今日晚间发布进一步说明，称由于该批次产品在接受抽检时尚未出库，该公司已立即将全部产品进行了封存和，确保没有问题产品流向市场。
12月27日 蒙牛称牛奶致癌物源自饲料 问题奶源仍不明蒙牛集团有关人士表示，“造成产品不合格的原因是当地个别牧场的一批饲料因天气潮湿发生了霉变，使得奶牛在食用这些饲料后原奶中的黄曲霉毒素超标。”
早在2007年三四月间，就曾在博客中称：“特仑苏OMP致癌。”卫生部会同多个部门的专家对添加了OMP的蒙牛特仑苏牛奶进行研讨后认为，这一产品没有健康危害，但OMP不是现行国家卫生标准允许使用的食品原料，蒙牛进口并使用OMP没有事先申请批准。
三鹿婴幼儿奶粉事件发生后，质检总局又紧急开展了液态奶三聚氰胺专项检查，结果显示，市场上绝大部分液态奶是安全的。但蒙牛、伊利、生产的液态奶仍被检测出含有三聚氰胺。
22日，陕西周至县马召镇一小学的18名学生先后出现食物中毒症状。据悉，这些学生都是饮用了22日早发放的“蒙牛”牌核桃奶后出现食物中毒症状。目前，卫生监督部门已将这所学校剩余牛奶封存，西安市疾病预防控制中心已将这批次牛奶取样，检验结果将于稍后公布。
陕西榆林市251名学生在喝完蒙牛学生奶后出现身体不适，被送往医院治疗。蒙牛关系总监称，只有16个孩子出现症状，还有236个孩子，它的流行病学上叫做癔症。
一方面是号称能诞生高品质的全球“样板工厂”，另一方面是问题奶事件被频频，蒙牛的近期连续的负面消息，使其“样板工厂”被质疑为“样子工厂”。
国家质检总局公布近期对全国128家企业生产的200种液体乳产品的质量国家监督抽检结果，其中，蒙牛乳业(眉山)有限公司生产的一批次产品被检出黄曲霉毒素M1超标140%。而黄曲霉毒素M1为已知致癌物，具有很强的致癌性。蒙牛随后在其官网对此事进行情况说明，承认其集团四川眉山工厂生产的利乐包纯牛奶产品黄曲霉毒素M1检测结果超标，并表示“我们向全国消费者致歉”。
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